Ministrija saskaņā ar Jūrlietu pārvaldes un jūras drošības likuma 5.pantu īsteno valsts politiku un attīstības stratēģiju jūrlietās, balstoties uz Starptautiskās Jūrniecības organizācijas nostādnēm un vadlīnijām dalībvalstīm starptautisko prasību ieviešanas jautājumos, kā arī Eiropas Savienības (ES) prasībām. Satiksmes ministrijas Jūrlietu departaments sadarbojas ar VAS “Latvijas Jūras administrācija”, kurai saskaņā ar Jūrlietu pārvaldes un jūras drošības likuma 6.pantu ir noteikta kompetence valsts pārvaldes uzdevumu veikšanai. Nacionālo bruņoto spēku Jūras spēku vienības, kas veic krasta apsardzes funkcijas, Valsts vides dienests, Transporta nelaimes gadījumu un incidentu izmeklēšanas birojs, Valsts drošības dienests, Valsts robežsardze un ostu pārvaldes ir institūcijas, kas pilda atsevišķas funkcijas jūrlietās atbilstoši savai kompetencei.
Ministrija atbilstoši savai kompetencei jūrlietās: īsteno valsts politiku un attīstības stratēģiju; nodrošina normatīvo aktu projektu izstrādi atbilstoši Starptautiskās Jūrniecības organizācijas, Helsinku komisijas, Starptautiskās Darba organizācijas un citu starptautisko organizāciju, kā arī Eiropas Savienības tiesību aktiem; pārstāv valsti Starptautiskajā Jūrniecības organizācijā, Starptautiskajā Hidrogrāfijas organizācijā, Eiropas Savienības institūcijās un citās institūcijās un piedalās Helsinku komisijas darbā kuģošanas drošības jautājumos; ne retāk kā reizi septiņos gados nodrošina tāda Starptautiskās Jūrniecības organizācijas audita norisi Latvijā, kura veikšanai Starptautiskā Jūrniecības organizācija ir piekritusi, kā arī nodrošina audita rezultātu vispārpieejamās informācijas publicēšanu; nodrošina Latvijai saistošo starptautisko līgumu un citu starptautisko tiesību normu ievērošanu; nodrošina Latvijas Jūras administrācijai nodoto funkciju izpildes uzraudzību un kontroli; šajā likumā paredzētajos gadījumos nosaka Latvijas ūdeņu izmantošanas kārtību; pilda Starptautiskās kravu loģistikas un ostu informācijas sistēmas (SKLOIS) pārziņa funkcijas. Par Starptautiskās kravu loģistikas un ostu informācijas sistēmas (SKLOIS) turētāja funkciju pildīšanu Satiksmes ministrija slēdz deleģēšanas līgumu ar Latvijas Jūras administrāciju; izsniedz un anulē atbilstības sertifikātu jūrnieku profesionālās sagatavošanas programmām; apstiprina jūrnieku profesionālās kompetences vērtētāju sarakstu un ostu vērtēšanas komisijas; attīsta un koordinē starptautiskos sakarus; veic citas funkcijas, kas saistītas ar drošību jūrā.